W kolejnych rundach udział biorą coraz silniejsze zespoły. Część drużyn, z najlepszych lig europejskich ma zapewniony udział w fazie grupowej bez eliminacji. Są to drużyny, które nie sprostały swoim rywalom w ostatniej rundzie eliminacji do ligi mistrzów. Łącznie do fazy grupowej przystępuje 48 drużyn. Dalsze zmagania toczą się w dwunastu grupach po cztery zespoły w każdej. Do dalszych rozgrywek kwalifikują się po dwie drużyny z każdej grupy oraz wspomniane już, te, które odpadły z Ligi Mistrzów zajmując trzecie miejsce w grupie.
Finał jest rozgrywany na wcześniej wybranym stadionie europejskim. W dotychczasowych czterech finałach zagrało siedem drużyn z trzech państw. W sezonie 2009/2010 w finale rozgrywanym w Hamburgu triumf odniosło Atletico Madryt, pokonując po dogrywce Fulham FC. Rok później na stadionie w Dublinie sukces świętowało FC Porto, pokonując SC Braga. Rok 2011 to ponowny triumf Atletico Madryt, tym razem pokonując inny hiszpański zespół, Athletic Bilbao. Mecz został rozegrany w Bukareszcie.
W wyniku tego Atletico Madryt jest nie tylko jedynym klubem, który wygrał dwukrotnie Ligę Europejską, ale też jedynym, który jak do tej pory dwukrotnie zagrał w finale tych rozgrywek. W sezonie 2012/2013 Zwyciężyła Chelsea FC, pokonując Benfice Lizbona. W czterech finałach dwukrotnie dochodziło więc do pojedynków drużyn z tych samych państw. Najbliższe mecze finałowe zostaną rozegrane w Turynie, sezon 2013/2014 oraz w Warszawie w sezonie 2014/2015.